借款超过诉讼时效后，借款人重新出具借条不按超过诉讼时效处理。最高人民法院在《关于超过诉讼时效期间借款人在催款通知单上签字或者盖章的法律效力问题的批复》中规定，“根据《中华人民共和国民法通则》第四条、第九十条规定的精神，对于超过诉讼时效期间，信用社向借款人发出催收到期贷款通知单，债务人在该通知单上签字或者盖章的，应该视为对原债务的重新确认，该债权债务关系受法律保护”。借款人重新出具借条的行为是对原借款关系的重新确定，是成立一个新的借款关系。借款人以其意思表示同意承担借款责任，这表明借款人放弃将借款关系已超过诉讼时效作为拒绝还款的抗辩理由。对于一个新的借款关系，其诉讼时效应从新出具借条确定的还款之日起计算。